细菌主要是在环境中附着，加之足部分泌的汗液、皮脂和脱落的皮屑等粘附在足浴器表面和槽内，虽然通过冲洗、清洁会清理掉大部分，但残留的细菌诸如革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌以及古细菌等会以惊人的速度繁殖。细菌的生存和繁殖需要水分、氧气、二氧化碳、矿物质和营养物质以及合适的温度。普通的足浴器则具备了上述细菌所需要的条件，导致细菌滋生。
这些细菌中，小部分对人体无害，但绝大部分是致病或条件致病菌。如此高密度的微生物在足浴按摩器内，而且含有大量的害菌，对人体，对脚部的危害是可想而知的。虽然经常性的使用日晒的方式可以减轻微生物危害，但无法根除并非常牵扯精力，而且严重影响足浴按摩器的使用寿命。
